Fase 2 start vanaf de stilstand van de ontwikkeling. Anderen zien een achteruitgang van vaardigheden, zoals spraak, lopen en het langzamerhand verloren gaan van doelbewust gebruik van de handen. Later verminderd de intelligentie van het kind. Het kind vertoont autistisch gedrag. Eerder was het kind nog sociaal maar dat neemt steeds meer af. Kinderen met stoornis van Rett vertonen rare hand bewegingen zoals met hun handen wringen. Later krijgt het kind last van epilipsie. Epelipsie is een aandoening waarbij je aanvallen krijgt waarbij je hele lichaam begint te schokken. Later verdwijnt de epilipsie weer in fase 4. Het kind heeft krijgt een ademhalingstoornis en ze krijgen last met hun ding doen op de wc.

Het kind wordt in deze fase vaak moeilijk handelbaar. Het heeft ontroostbare huil- en/of gilbuien, en/of (vaak onverklaarbare) lachbuien en raakt snel geïrriteerd. Sommige kinderen krijgen last vandysfasie en dyspraxie. Het kan zijn dat het kind autisme heeft. Want kinderen met autisme hebben deze 'buien' vaak ook. De oorzaken in dat geval kunnen zijn: dwangmatigheid, overprikkeling of overgevoeligheid voor geluiden. Ook kan een huilbui een gevolg zijn van een epileptische aanval.